Будь-яке наукове дослідження потребує визначення не тільки його предмета, але й методу, який використовується наукою для пізнання її предмета. У юридичній літературі, в тому числі і в аграрно-правовій, досі ще не склалося чіткого визначення методу правового регулювання. Традиційно метод правового регулювання розглядається відповідно до системи права. Вся система права за однорідністю правовідносин (предмета правового регулювання) поділяється на галузі. А оскільки метод правового регулювання властивий тим суспільним відносинам, які є предметом даної галузі права, то мається на увазі, що предмету кожної галузі повинен відповідати і метод правового регулювання.
Проте ця позиція в умовах формування ринкових відносин втрачає своє значення. Нині вченими-правознавцями жваво обговорюється проблема дослідження методу правового регулювання стосовно права в цілому. Вона не нова, до неї зверталися вчені-юристи й раніше.
У загальній теорії держави і права під методом правового регулювання розуміють закріплені в нормах права прийоми, засоби і способи впливу на поведінку суб'єктів права, установ у відповідних суспільних відносинах.
Оскільки предмет аграрного права становлять не однорідні, а цілий комплекс пов'язаних між собою характером виробництва різних правовідносин, то слід говорити не про єдиний метод правового регулювання, а про різноманітність методів. Стосовно тих чи інших суспільних відносин, які виникають в умовах сільськогосподарського виробництва, застосовується і метод їх правового регулювання.
У випадках, коли між суб'єктами господарювання в аграрному секторі виникають правовідносини власності, для їх регулювання застосовуються прийоми, засоби і способи цивільного методу правового регулювання — рівноправності сторін. Метод земельного законодавства застосовується у випадках регулювання земельних правовідносин в АПК. Управлінсько-організаційним відносинам, які є складовою частиною предмета аграрного права, властивий характер переважно методів господарського права. Отже, слід погодитися з правниками, які висловлюють думку про те, що аграрному праву притаманні три основних методи правового регулювання: дозвіл, припис, заборона, які знаходять своє вираження в диспозитивних і імперативних прийомах регулювання з урахуванням специфіки аграрних відносин, про що детальніше йшлося в першому параграфі цього розділу.